Auch kulturell hinterließ der Orden seine Spuren: Seine Hauptkirche, die Johanneskathedrale, empfängt euch zunächst mit einer eher schlichten Fassade. Im Inneren begeistert sie dafür aber mit barocker Pracht. Den Boden schmücken fast 400 kostbare Grabplatten aus Marmor, unter denen die Ordensritter begraben liegen. Außerdem beherbergt die Kathedrale eines der eindrucksvollsten Gemälde der europäischen Malerei: „Die Enthauptung Johannes des Täufers“ von Michelangelo Merisi da Caravaggio. Schaut aber auch noch einmal ganz nach oben. Denn: Auch die von Mattia Preti bemalten Gewölbe sind absolut sehenswert!
In der Kathedrale von Mdina erwarten euch hingegen die Meisterwerke europäischer Kunst. Holz- und Kupferstiche Albrecht Dürers hängen hier im dazugehörigen Kathedralmuseum.